Từ đầu niên đại 1960, Malcolm X và Elijah Muhammad khai thủy gây ra rất nhiều tranh luận.

Đệ nhất, các hành vi lễ nghi tàn ngược: tin đồn đã được vận động trong một thời gian về nhiều vụ thông gian của Elijah Muhammad với các bí thư trẻ của phong trào. Warith Deen Muhammad, nhi tử riêng của Elijah Muhammad, và là thân hữu của X, đã thông báo với ông "vào năm 1963, rằng phụ thân tên Elijah Muhammad đã khiến sáu bí thư mang thai[63].Các vụ thông gian là hoàn toàn trái với giáo nghĩa của Quốc gia Islam. Sau khi phủ nhận những thông tin này, Malcolm X cuối cùng cũng thừa nhận chúng vào năm 1963. Elijah Muhammad [64] tự thân là tình báo của Thượng đế trên địa cầu, và ông không cần tuân theo các quy tắc đối tượng nhân gian phổ thông[65]. Những sự kiện này dường như đã làm cải biến đáng kể niềm tin của X về sự thánh khiết của Elijah Muhammad.

Đệ nhị, điểm phân kỳ là chính trị: Malcolm X quan tâm đến phong trào vận đồng quyền công dân da đen vì nó đã được phát triển từ 1955. Nếu công thức vận động chính thức của phong trào phản đối chủ nghĩa dân tộc da đen và chỉ chủ trương tuyên bố địa vị người da đen nên bình đẳng với một người Mỹ bình thường, thì X cho rằng phải có sự tồn tại của những người theo chủ nghĩa dân tộc da đen và giáo đồ Islam giáo da đen trong phong trào vận động đại chúng da đen vĩ đại của lịch sử Hoa Kỳ. Elijah Muhammad là một những chiến sĩ cuối cùng chống cách ly chủng tộc[66] và tham gia một phong trào vận động trong đó nhiều người da trắng tiến bộ nhưng có thái độ đối địch sẽ sống thật với chính mình. Ông sợ sự giải tán của cộng đồng người da đen hợp xướng ở một nước Mỹ do người da trắng nắm quyền chủ đạo.

Đệ tam, tranh luận về tôn giáo: Malcolm X khai thủy quan tâm đến công thức tư tưởng của phái Hồi giáo Sunni chính thống và nhận ra rằng tôn giáo mà Elijah Muhammad tuyên dương không phải là Sunni thật sự. Sự quan tâm của X đối với Hồi giáo chính thống chỉ có thể khiến anh ta bảo trì cự ly với nhà chỉ đạo.

Tối hậu, dã tâm bất đồng: sự trọng yếu của X trong cộng đồng da đen nói chung và Quốc gia Islam nói riêng, dường như đã khiến Elijah Muhammad kỳ thị X.

Năm 1963, sau vụ ám sát Tổng thống lĩnh Kennedy, tất cả những sự phân kỳ đó đã bùng nổ ra tại quảng trường công cộng, sau một bài phát biểu thanh minh gây tranh cãi của X. Anh thanh minh rằng Kennedy không thể ngừng dùng bạo lực để chuyển hướng phản đối anh. Anh thanh minh bổ sung "Những chú gà về nhà vĩnh viễn không bao giờ làm tôi thương tâm. Nó chỉ làm tôi cao hứng" (Chickens coming home to roost never made me sad. It only made me glad). Trong tiếng Pháp, Gà về nhà để ngủ (Chickens coming home to roost) có ý nghĩa tiếp cận câu thành ngữ "gieo gió thu hoạch bão". Câu này khả dĩ lý giải là X rất hoan hỉ vì hành động ám sát. Elijah Muhammad đã phủ định tuyên ngôn này và ra mệnh lệnh cấm chỉ X thanh minh công khai bất kỳ thứ gì trong 90 ngày, và Malcolm X phục tùng lệnh cấm. Nhưng mối quan hệ giữa hai người đã đạt đến điểm phân kỳ. Trong cuốn tự truyện của mình, X cho biết thậm chí một trong những trợ thủ của anh bị NoI quản lý ra mệnh lệnh chủ trương giết chết X[67].

Vào ngày 8 tháng 3 năm 1964, Malcolm X phát biểu ly khai Quốc gia Islam. Vào ngày 12 tháng 3, ông tuyên bố thiết lập tổ chức tự thân "Công ty xã hội giáo đồ Islam." (The Muslim mosque inc). Ít lâu sau, anh phát biểu cải tông sang phái Hồi giáo Sunni chính thống. Ngày 13 tháng 4 năm 1964 Malcolm X xuất phát bay đến Ả Rập Xê-út từ Sân bay quốc tế John F. Kennedy để thực hành phản hồi tuần lễ hành hương đến Mecca (hajj) dưới cái tên Islam giáo Malik El-Shabazz[68]. Thê tử và các nữ nhi của ạnh sau đó đổi họ là Shabazz.

Anh khiển trách Chủ nghĩa chủng tộc phản người da trắng của Quốc gia Islam. Nhưng Malcolm X vẫn trung thực với phương pháp hành động đặc quyền của người da đen. Anh cũng cự tuyệt khiển trách người bị áp bức sử dụng phương pháp bạo động và đã có một số lời lẽ khá khắc nghiệt đối với những người đề xuất phương pháp phi bạo lực. Anh cáo buộc phương pháp phi bạo lực là "phương pháp khuyến khích những người đấu tranh khuất phục kẻ thù"[69].

Ngay sau khi trở về từ Mecca, Malcolm X đã thống nhất cơ cấu và thiết lập "Tổ chức đoàn kết người Mỹ gốc Phi" - một nhóm chính trị phi tôn giáo. Do đó, ông hi vọng tổ chức là tiến hành lãnh đạo cả một cuộc đấu tranh tôn giáo cho Islam, và tiến hành đấu tranh chính trị cho người da đen và cả hai nguyện vọng đều thi hành một cách tự chủ ở các đô thị.

Mối quan hệ căng thẳng giữa Malik El-Shabazz và Quốc gia Islam tăng lên một cách khẩn trương. Ngày 14 tháng 2 năm 1965 một quả bom nổ đã giết chết anh cùng 15 người chết khác vảo ngày 21 tháng 2 năm 1965. Hai tháng trước đó, Louis Farrakhan đã viết "một người đàn ông như hắn đáng chết"[70]. Ba thành viên của Quốc gia Islam đã bị phán quyết có tội ám sát vào năm 1966: Norman 3X Butler, Thomas 15X Johnson và Talmadge Hayer. Bản thân tổ chức phủ định thông tin mình tham gia vào vụ ám sát. "Betty Shabazz [Thê tử của Malcolm X], người đã chết năm 1997, đã công khai chỉ trích Farrakhan có vai trò trong vụ mưu sát"[70]. Ông thừa nhận vào đầu năm 2007 "Tôi đồng mưu với kẻ sát nhân trong tư tưởng", đồng thời phủ định khả năng tham dự trực tiếp của tổ chức vào vụ việc[70]. Năm 1994, Qubilah Shabazz, một đứa con gái của Malcolm X đã bị triệt tiêu và bị khởi tố tội thuê sát thủ sát hại Farrakhan vào năm 1995[71]. Người ta cũng cho rằng Cục Điều tra Liên bang đã biết về kế hoạch ám sát và định thậm chí hiệp trợ X, nếu X không được chi viện. Giả thuyết này được NoI tiếp thụ.[72].

Sau khi chết, kế hoạch của Malcolm X để kiến lập một tín ngưỡng Hồi giáo Sunni trong cộng đồng da đen, hòa nhập vào Hồi giáo thế giới và đả phá chủ nghĩa chủng tộc dường như là một thất bại lớn. Tổ chức của ông vẫn còn tình trạng lợi ích đoàn thể, và Elijah Muhammad kiên quyết khống chế đạo Islam của người da đen Mỹ cho đến khi ông qua đời năm 1975.